ماکو – کشف این منبع طبیعی که مستقیماً از نیروی حیاتی سیاره استخراج شده است، طلوع عصر جدیدی را رقم زد و اکنون این انرژی زندگی مردم را در سراسر جهان حفظ می کند. با این حال، شرکت شینرا تولید ماکو را در انحصار خود درآورده است و با انجام این کار هژمونی قدرتمندی را ایجاد کرده است – نفوذ آن به گوشه‌های دور دنیا می‌رسد.

کلود، یکی از اعضای سابق سازمان نظامی شینرا، SOLDIER، به گروه مقاومت ضد شینرا AVALANCHE می پیوندد، علیرغم اینکه به انگیزه های آنها اهمیت چندانی نمی دهد. در طی یکی از تلاش‌های گروه برای متوقف کردن شرکت، آنها از بازگشت سپیروث، دشمن ابر مطلع می‌شوند و با ظهور مجدد او، این سیاره بیش از آنچه که انتظارش را داشت، در معرض خطر قرار می‌گیرد.

در حالی که سرنوشت جهان بر موفقیت آنها سوار است، کلود و متحدانش برای فرونشاندن این تهدید مرگبار تصمیم گرفتند.